上記のように、エボラウイルスには、一般的な消毒薬(次亜塩素酸ナトリウム、アルコール等)が 有効です。(例:5000ppmと500ppmの次亜塩素酸ナトリウム溶液を用意しておき、 汚物の消毒には5000ppm溶液を、眼に見える汚れが無いところには500ppm溶液を使用する)
今回の流行では、医療従事者の二次感染が問題となっています。 患者は、嘔吐・下痢が激しく、大量のウイルスを排泄していると考えられますので、 患者との接触は、適切な防護服を着用してする必要があります。 また、使用後の防護服を脱ぐ際に感染する危険性が指摘されており、 医療従事者は正しい防護服着脱手順を身につけておく必要があります。
防護服を脱ぐ際にも、汚染の可能性がある部分を消毒するために消毒薬を使用します。 CDCの防護服に関する手引き では、(エボラウイルスより消毒薬抵抗性が高い)ノロウイルス等を消毒できる医療用消毒薬を使用し、 手袋を脱いだ後の手指の消毒にはアルコールを主成分とした手指消毒薬を使用することを推奨しています。